scRNA-seq data

We provide the scATAC-seq and scRNA-seq data of cutaneous squamous cell carcinoma (CSCC) used in this study. A total of nine samples from three patients were analyzed, with each patient contributing CSCC, AK, and normal samples, as detailed below. You can download the data via the following link.

1. Click here to download the scATAC-seq data

Details

## eccDNA/download/data/scATAC_data.7z
## ├── AK1
## │   ├── AK1_fragments.tsv.gz
## │   └── AK1_fragments.tsv.gz.tbi
## ├── AK2
## │   ├── AK2_fragments.tsv.gz
## │   └── AK2_fragments.tsv.gz.tbi
## ├── AK3
## │   ├── AK3_fragments.tsv.gz
## │   └── AK3_fragments.tsv.gz.tbi
## ├── CSCC1
## │   ├── CSCC1_fragments.tsv.gz
## │   └── CSCC1_fragments.tsv.gz.tbi
## ├── CSCC2
## │   ├── CSCC2_fragments.tsv.gz
## │   └── CSCC2_fragments.tsv.gz.tbi
## ├── CSCC3
## │   ├── CSCC3_fragments.tsv.gz
## │   └── CSCC3_fragments.tsv.gz.tbi
## ├── Normal1
## │   ├── Normal1_fragments.tsv.gz
## │   └── Normal1_fragments.tsv.gz.tbi
## ├── Normal2
## │   ├── Normal2_fragments.tsv.gz
## │   └── Normal2_fragments.tsv.gz.tbi
## └── Normal3
##     ├── Normal3_fragments.tsv.gz
##     └── Normal3_fragments.tsv.gz.tbi

2. Click here to download the scRNA-seq data

Details

## eccDNA/download/data/scRNA_data.7z
## ├── AK1
## │   ├── barcodes.tsv.gz
## │   ├── features.tsv.gz
## │   └── matrix.mtx.gz
## ├── AK2
## │   ├── barcodes.tsv.gz
## │   ├── features.tsv.gz
## │   └── matrix.mtx.gz
## ├── AK3
## │   ├── barcodes.tsv.gz
## │   ├── features.tsv.gz
## │   └── matrix.mtx.gz
## ├── CSCC1
## │   ├── barcodes.tsv.gz
## │   ├── features.tsv.gz
## │   └── matrix.mtx.gz
## ├── CSCC2
## │   ├── barcodes.tsv.gz
## │   ├── features.tsv.gz
## │   └── matrix.mtx.gz
## ├── CSCC3
## │   ├── barcodes.tsv.gz
## │   ├── features.tsv.gz
## │   └── matrix.mtx.gz
## ├── Normal1
## │   ├── barcodes.tsv.gz
## │   ├── features.tsv.gz
## │   └── matrix.mtx.gz
## ├── Normal2
## │   ├── barcodes.tsv.gz
## │   ├── features.tsv.gz
## │   └── matrix.mtx.gz
## └── Normal3
##     ├── barcodes.tsv.gz
##     ├── features.tsv.gz
##     └── matrix.mtx.gz

scATAC-seq and scRNA-seq data used in this study

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